Die Handlung ist nach den Ereignissen in The Wind Waker angesiedelt. Der ProtagonistLink (der Name ist frei wählbar) ist mit dem weiblichen Piraten-Kapitän Tetra und ihrer Mannschaft auf hoher See unterwegs. Auf ihrer Reise geraten sie in einen Nebel und treffen auf ein Geisterschiff. Tetra sieht sich das Schiff genauer an und wird entführt. Als Link ihr auf das Schiff folgt, um sie zu retten, fällt er jedoch ins Meer. Als er auf einer Insel wieder erwacht, wird er dort von Fee Ciela und ihrem Großvater gefunden. Von ihm erfährt Link, dass er die drei Geister des Mutes, der Kraft und der Weisheit finden muss, um Tetra zu befreien.
Um die drei Geister zu finden, muss er zwei Seekarten aus dem Tempel des Meereskönigs finden. Beim Betreten des Tempels kann er Kapitän Linebeck retten, der ihm fortan sein Boot zur Verfügung stellt. Da der Tempel allerdings verflucht ist, und jedem, der ihn betritt, nach und nach Lebensenergie aussaugt, benötigt Link die Kraft der Phantomsanduhr (engl. Phantom Hourglass). Mit ihr kann Link sich eine Zeit lang (anfangs zehn Minuten, bis 25 Minuten erweiterbar) im Tempel aufhalten, ohne das ihm Energie abgezogen wird. Nach jedem erfolgreichen Bosskampf wird die Uhr um zwei Minuten erweitert. Mit der Kraft der Geister gelingt es ihm schließlich Tetra zu befreien - allerdings ist diese versteinert. Cielas Großvater gibt seine wahre Identität als König der Meere preis und Link erfährt von ihm, dass er das Monster Bellamu töten muss, um Tetra zu befreien. Aber um Bellamu überhaupt verletzen zu können benötigt er das legendäre Phantomschwert. Der Schmied Sauz kann das Phantomschwert schmieden, benötigt allerdings drei Stähle, die den drei Völkern, den Goronen, den Anouki und den Menschen gegeben wurden und allesamt auf den umliegenden Inseln versteckt sind.
Nachdem er die drei Stähle gefunden hat (hierzu benötigt er die anderen beiden Seekarten) und Sauz das Schwert geschmiedet hat, macht sich Link zur finalen Begegnung mit Bellamu tief im Tempel des Meereskönigs auf. Nachdem Bellamu (scheinbar) besiegt wurde, stürzt die Höhle, in der der Kampf stattgefunden hat, ein. Cielas Großvater kann Link in letzter Sekunde auf Linebecks Schiff teleportieren, und mit seiner neu gewonnenen Kraft Tetra ins Leben zurückholen. Plötzlich taucht jedoch Bellamu wieder auf und entführt Tetra auf das Geisterschiff. Link und Linebeck können das Schiff durch Beschuss zum Kentern bringen und gehen an Bord. Bellamu greift Linebeck an, und verwandelt ihn in einem Phantom-Ritter. Nachdem Link ihn (und damit auch Bellamu) besiegt hat sind Linebeck und Tetra wieder frei.
Im Abspann stellt sich heraus, dass Link und Tetra in einer Art Parallelwelt waren, und in der echten Welt nur zehn Minuten vergangen sind. Als Link am Horizont Linebecks Schiff sieht, weiß er, dass sein Abenteuer kein Traum war.
Info :
Es verkauft sich 3,7 Milionen mal.
(Stand Februar 2010)
